原來在加爾加群島事件，人類在木星軌道上發(fā)現(xiàn)了一座遺跡，那是屬于一個高等種族的圣殿，他們已經(jīng)進(jìn)化到了更高的維度，只留下了一些守衛(wèi)來保護(hù)他們的遺產(chǎn)。然而，當(dāng)時的執(zhí)政者在傲慢與貪婪的驅(qū)使下進(jìn)入了圣殿，并從中偷走了一件圣物。這件圣物為他們帶來了先進(jìn)的技術(shù)和無盡的財富，但也在不久之后招來了外星人的襲擊。

圖中左下為成為了“血隼”領(lǐng)袖的蘭斯
這直接引發(fā)了后來災(zāi)難性的異形戰(zhàn)爭，蘭斯在之后發(fā)現(xiàn)了事情的真相，但卻很快被當(dāng)局滅口，并栽贓在了比爾身上。同時為了獨(dú)占地球的資源，當(dāng)局還利用兩人導(dǎo)演了一場毀滅地球大多數(shù)人口的悲劇。蘭斯當(dāng)時在將死之時與異形胚胎融合，才活到了現(xiàn)在。他組織“血隼”，就是為了報復(fù)背叛了他們、同時也背叛了人類的“三頭執(zhí)政”，可隨著時間的推移，他逐漸失去了對體內(nèi)異形的控制。

蘭斯在講完了這一切之后終于閉上了雙眼，在最親密的戰(zhàn)友面前，一位曾經(jīng)數(shù)次拯救地球的英雄與世長辭。
蘭斯隕落，但比爾的故事還沒有完結(jié)。他與露西亞最終來到了三頭執(zhí)政的巢穴，見到了與從加爾加群島開始的一切悲劇的始作俑者。

此時這三個家伙已經(jīng)完成了對外星人遺產(chǎn)的最終分析，打算與之融合，控制這份強(qiáng)大的力量。然而事與愿違，三人被遺產(chǎn)中的力量吞噬，一個彷如外星神祇的敵人在光芒中現(xiàn)身。

經(jīng)歷了可能是迄今為止整個系列最漫長的一場Boss戰(zhàn)后，外星人再次被消滅。這次，地球似乎迎來了長久的和平。

廉頗雖老
不過《魂斗羅》和比爾的故事都還沒有完結(jié)，日歷翻到4444年，人類已經(jīng)沖出了母星的懷抱，走向了星辰大海。不過孕育了人類文明的地球母親此時卻被遺棄，成為了人類社會的監(jiān)獄星球。
然而，就在這片不法之徒橫行的土地上一股自稱為“新魂斗羅”的忽然崛起，在名為“魂斗羅大師（Master Contra）”的神秘人物的帶領(lǐng)下，新魂斗羅控制了整個星球，成為了人類社會的新威脅。

別問為什么在一千多年之后比爾還能沖鋒陷陣，在這個能給人判刑10000年的世界里，什么事情都有合理的解釋（等下我們再說）。總而言之，比爾和新戰(zhàn)友柳生玄兵衛(wèi)一起飛往地球，展開了清剿“新魂斗羅”的行動。

在一場戰(zhàn)斗中，他們遭遇了一位神秘的老兵。老兵自稱“神秘人G（Mystery G）”，他身手不凡，新魂斗羅組織的一位頭目在他面前不堪一擊。但在比爾等于與其遭遇后，老人決定試試比爾的身手，與其進(jìn)行了短暫的戰(zhàn)斗。最后老人認(rèn)為比爾身手不錯，用傳送裝置離開了。

在最終戰(zhàn)斗中，比爾見到了這次動亂的禍?zhǔn)谆甓妨_大師，他們也終于搞清楚了事情的真相。原來這個（玩家所控制的）比爾，并非本尊，而是戰(zhàn)爭英雄比爾·雷澤的克隆。至于大反派魂斗羅大師則是將比爾的意識注入機(jī)器人身體后得出的結(jié)果。他們兩人都是一個名為“C計劃”的產(chǎn)物。
在與魂斗羅大師的激烈戰(zhàn)斗中，克隆人比爾一時陷入絕境，此時神秘人G彷如天降神兵，為比爾擋下了關(guān)鍵一擊。此時大家才發(fā)現(xiàn)，這個老人正是當(dāng)年異形戰(zhàn)爭的英雄比爾·雷澤本人！為了救助克隆人比爾，**爾承受了魂斗羅大師的致命一刀，在彌留之際，比爾鼓勵自己的克隆體繼續(xù)戰(zhàn)斗，為他放下了身為克隆人的心理負(fù)擔(dān)。
在這里，那個從80年代開始就陪我們一路走過來的、喜歡光膀子穿藍(lán)褲子的英雄，終于打完了他的最后一場戰(zhàn)斗，在自己的克隆體面前，離開了這個世界。

后面的故事自然是比爾和玄兵衛(wèi)消滅了魂斗羅大師，世界再次恢復(fù)了和平。
但對于比爾和蘭斯這對兄弟、對于玩家們來說，這也標(biāo)記著一個時代的終結(jié)。曾經(jīng)無數(shù)次一起出生入死的紅藍(lán)組合的故事在這里畫上了一個不算圓滿、卻深刻無比的句號。

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