原來(lái)在加爾加群島事件，人類在木星軌道上發(fā)現(xiàn)了一座遺跡，那是屬于一個(gè)高等種族的圣殿，他們已經(jīng)進(jìn)化到了更高的維度，只留下了一些守衛(wèi)來(lái)保護(hù)他們的遺產(chǎn)。然而，當(dāng)時(shí)的執(zhí)政者在傲慢與貪婪的驅(qū)使下進(jìn)入了圣殿，并從中偷走了一件圣物。這件圣物為他們帶來(lái)了先進(jìn)的技術(shù)和無(wú)盡的財(cái)富，但也在不久之后招來(lái)了外星人的襲擊。

圖中左下為成為了“血隼”領(lǐng)袖的蘭斯
這直接引發(fā)了后來(lái)災(zāi)難性的異形戰(zhàn)爭(zhēng)，蘭斯在之后發(fā)現(xiàn)了事情的真相，但卻很快被當(dāng)局滅口，并栽贓在了比爾身上。同時(shí)為了獨(dú)占地球的資源，當(dāng)局還利用兩人導(dǎo)演了一場(chǎng)毀滅地球大多數(shù)人口的悲劇。蘭斯當(dāng)時(shí)在將死之時(shí)與異形胚胎融合，才活到了現(xiàn)在。他組織“血隼”，就是為了報(bào)復(fù)背叛了他們、同時(shí)也背叛了人類的“三頭執(zhí)政”，可隨著時(shí)間的推移，他逐漸失去了對(duì)體內(nèi)異形的控制。

蘭斯在講完了這一切之后終于閉上了雙眼，在最親密的戰(zhàn)友面前，一位曾經(jīng)數(shù)次拯救地球的英雄與世長(zhǎng)辭。
蘭斯隕落，但比爾的故事還沒(méi)有完結(jié)。他與露西亞最終來(lái)到了三頭執(zhí)政的巢穴，見(jiàn)到了與從加爾加群島開(kāi)始的一切悲劇的始作俑者。

此時(shí)這三個(gè)家伙已經(jīng)完成了對(duì)外星人遺產(chǎn)的最終分析，打算與之融合，控制這份強(qiáng)大的力量。然而事與愿違，三人被遺產(chǎn)中的力量吞噬，一個(gè)彷如外星神祇的敵人在光芒中現(xiàn)身。

經(jīng)歷了可能是迄今為止整個(gè)系列最漫長(zhǎng)的一場(chǎng)Boss戰(zhàn)后，外星人再次被消滅。這次，地球似乎迎來(lái)了長(zhǎng)久的和平。

廉頗雖老
不過(guò)《魂斗羅》和比爾的故事都還沒(méi)有完結(jié)，日歷翻到4444年，人類已經(jīng)沖出了母星的懷抱，走向了星辰大海。不過(guò)孕育了人類文明的地球母親此時(shí)卻被遺棄，成為了人類社會(huì)的監(jiān)獄星球。
然而，就在這片不法之徒橫行的土地上一股自稱為“新魂斗羅”的忽然崛起，在名為“魂斗羅大師（Master Contra）”的神秘人物的帶領(lǐng)下，新魂斗羅控制了整個(gè)星球，成為了人類社會(huì)的新威脅。

別問(wèn)為什么在一千多年之后比爾還能沖鋒陷陣，在這個(gè)能給人判刑10000年的世界里，什么事情都有合理的解釋（等下我們?cè)僬f(shuō)）。總而言之，比爾和新戰(zhàn)友柳生玄兵衛(wèi)一起飛往地球，展開(kāi)了清剿“新魂斗羅”的行動(dòng)。

在一場(chǎng)戰(zhàn)斗中，他們?cè)庥隽艘晃簧衩氐睦媳�。老兵自稱“神秘人G（Mystery G）”，他身手不凡，新魂斗羅組織的一位頭目在他面前不堪一擊。但在比爾等于與其遭遇后，老人決定試試比爾的身手，與其進(jìn)行了短暫的戰(zhàn)斗。最后老人認(rèn)為比爾身手不錯(cuò)，用傳送裝置離開(kāi)了。

在最終戰(zhàn)斗中，比爾見(jiàn)到了這次動(dòng)亂的禍?zhǔn)谆甓妨_大師，他們也終于搞清楚了事情的真相。原來(lái)這個(gè)（玩家所控制的）比爾，并非本尊，而是戰(zhàn)爭(zhēng)英雄比爾·雷澤的克隆。至于大反派魂斗羅大師則是將比爾的意識(shí)注入機(jī)器人身體后得出的結(jié)果。他們兩人都是一個(gè)名為“C計(jì)劃”的產(chǎn)物。
在與魂斗羅大師的激烈戰(zhàn)斗中，克隆人比爾一時(shí)陷入絕境，此時(shí)神秘人G彷如天降神兵，為比爾擋下了關(guān)鍵一擊。此時(shí)大家才發(fā)現(xiàn)，這個(gè)老人正是當(dāng)年異形戰(zhàn)爭(zhēng)的英雄比爾·雷澤本人！為了救助克隆人比爾，**爾承受了魂斗羅大師的致命一刀，在彌留之際，比爾鼓勵(lì)自己的克隆體繼續(xù)戰(zhàn)斗，為他放下了身為克隆人的心理負(fù)擔(dān)。
在這里，那個(gè)從80年代開(kāi)始就陪我們一路走過(guò)來(lái)的、喜歡光膀子穿藍(lán)褲子的英雄，終于打完了他的最后一場(chǎng)戰(zhàn)斗，在自己的克隆體面前，離開(kāi)了這個(gè)世界。

后面的故事自然是比爾和玄兵衛(wèi)消滅了魂斗羅大師，世界再次恢復(fù)了和平。
但對(duì)于比爾和蘭斯這對(duì)兄弟、對(duì)于玩家們來(lái)說(shuō)，這也標(biāo)記著一個(gè)時(shí)代的終結(jié)。曾經(jīng)無(wú)數(shù)次一起出生入死的紅藍(lán)組合的故事在這里畫(huà)上了一個(gè)不算圓滿、卻深刻無(wú)比的句號(hào)。

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